Jesteśmy w GenBanku :-)
Notatka z zajęć w Instytucie Biologii Ewolucyjnej UW naszego kółka biologicznego. Polecamy lekturze:
„Z wyizolowanych z powietrza grzybów sporządziliśmy preparaty mikroskopowe. Następnie identyfikowaliśmy grzyby na podstawie wyglądu kolonii oraz morfologii mikroskopowych struktur rozmnażania, jeśli były obecne. Niestety taka identyfikacja bywa zawodna. Zdecydowaliśmy się na potwierdzenie jej z użyciem metod molekularnych – sekwencjonowania DNA – dla czterech z naszych izolatów.
Dlatego osoby biorące udział w kółku biologicznym wyizolowały DNA z grzybów. Potem, dzięki uprzejmości pracowników Instytutu Biologii Ewolucyjnej Uniwersytetu Warszawskiego (IBE UW), została przeprowadzona reakcja PCR, w celu namnożenia interesującego nas fragmentu DNA grzybowego (ITS). 17-ego grudnia odbyły się warsztaty molekularne w Instytucie Biologii Ewolucyjnej Uniwersytetu Warszawskiego, podczas których uczniowie i uczennice przeprowadzili i przeprowadziły elektroforezę produktu uzyskanego w reakcji PCR. Następnie produkt reakcji został oczyszczony przez nich i przez nie. Produkt wysłano do firmy Genomed, która przeprowadziła reakcję sekwencjonowania Sangera.
Uzyskane sekwencje były analizowane przez uczniów i uczennice z użyciem programu Unipro Ugene oraz algorytmu Blast (przeszukiwanie bazy danych NCBI).
Ostatecznie wśród wyizolowanych grzybów zidentyfikowaliśmy przedstawicieli rodzajów Alternaria, Epicoccum, Cladosporium i Pennicillium (polska nazwa: pędzlak). Cztery z wysuszonych izolatów (dla których uzyskano sekwencje fragmentów DNA) zostały zdeponowane w Zielniku Uniwersytetu Warszawskiego. A uzyskane sekwencje zostały przesłane do bazy danych GenBank – będą dostępne publicznie już 31 stycznia!
Zdeponowane izolaty i numery identyfikacyjne ich sekwencji w bazie GenBank:
Cladosporium sp. numer w zielniku: WA0000135249 numer dostępu w GenBank: OQ332836
Epicoccum sp. numer w zielniku: WA0000135250 numer dostępu w GenBank: OQ332837
Epicoccum sp. numer w zielniku: WA0000135251 numer dostępu w GenBank: OQ332838
Penicillium sp. numer w zielniku: WA0000135252 numer dostępu w GenBank: OQ332839
Żadne ze zidentyfikowanych grzybów nie stanowią zagrożenia dla zdrowia.”
